根據《財政部 農業部關于調整完善農業三項補貼政策的指導意見》（財農〔2015〕31號）和《財政部 農業部 銀監會關于財政支持建立農業信貸擔保體系的指導意見》（財農〔2015〕121號）的要求，為加快建立我省農業信貸擔保體系，轉變云南農業發展方式，提高財政支農政策效能，引導金融資源加大 “三農”投入，經省人民政府批準，授權省財政廳履行出資人職責，2016年4月15日成立云南省農業信貸擔保有限公司，公司性質為省屬國有獨資企業。2020年1月9日，公司更名為云南省農業融資擔保有限公司，現公司注冊資本金（實繳）規模達29.57億元。截至2022年4月，公司在保余額176.84億元，在保項目戶數6.77萬戶，放大倍數6.31倍，累計擔保金額302.72億元，擔保項目戶數10.24萬戶。

2020年以來，支持抗疫保供經營主體237戶，共計減免擔保費204.96萬元；支持三區三州及國家鄉村振興重點幫扶縣  27 縣發展，累計擔保 32.04億元。近三年來平均擔保費率不超過0.5%，農擔項目綜合融資成本 4%-7% 。 

截至2022年3月末，公司已在全省16個州市設立了31個分支機構，立足網點，輻射周邊，在全省129個縣區實現擔保業務全覆蓋。每個辦事處均配備了專職工作人員，公司實現了機構、業務和人員的全面下沉，形成了覆蓋全省的農擔基層服務網絡體系。

截至2022年4月，公司已與12個州市、34個縣（市、區）政府簽訂了戰略合作協議，與含6家大型國有及國有控股商業銀行和9家股份制商業銀行的省級分行，134家農信社、農商行、農合行，46家村鎮銀行及1家保險公司在內的共196家金融機構簽訂了銀擔合作協議，獲得授信額度超過540億元，初步構建了“政銀擔”風險分擔，聯合支持農業產業發展的格局。

公司堅持“貼農、為農、惠農、不脫農”的指導思想和“專注農業”的總體思路，主動服務云南省“綠色食品牌”打造和鄉村振興戰略，著力解決新型農業經營主體“融資難”“融資貴”問題。